История Tomoyo After развивается вокруг Okazaki Tomoya и Sakagami Tomoyo. Tomoya закончил среднюю школу и теперь работает мусорщиком. Он живет один, несмотря на то, что у него с Tomoyo достаточно близкие отношения. Однажды оказывается, что у Tomoyo есть младшая сестра - Mishima Tomo, которая жила со своей матерью, но недавно была брошена. В конечном счете решается что Tomo пока будет жить у Tomoya.

Кроме адвенчер-части, которая занимает большую часть игры, в Tomoyo after присутствуют также элементы RPG. Чтобы пройти игру полностью, игрок должен закончить восемь RPG мини-игр под названием "Dungeons & Takafumis", которые становяться доступными во время определенных сценариев в течение игры.