Вторая часть сюжетом не связана с оригинальной игрой, однако все типажи героев сохранены и озвучивают их те же сейю, что и в первой части. Сюжет же трансформировался из фэнтезийного в научно-фантастический.

Действие происходит в будущем. Мир сильно отправлен последствиями войны с широким применением химического оружия. Человек, вдохнувший отравленный воздух, погибает в течении месяца, если у него нет специального "Life Microchip" (LMC), имплантированного в тело. Естественно, вокруг микрочипов развивается крупный криминальный бизнес. Для борьбы с ним правительство составило специальный отряд: The Lifemicrochip Crime Commando (LWC).

Yuuri Mimori, по приглашению своего друга детства Ibuki, решает вступить в LWC вместе с ним. Осознавая серьезную опасность этой работы, Yuuri решает во всем положиться на то поддержку своего товарища Ibuki.

Первый рабочий день Yuuri и Ibuki проводят в сопровождении Roy - главы LWC, чтобы познакомиться со всеми участниками комманды. К ночи, когда Yuuri наконец возвращается в свою комнату, уставший от напряженного первого дня, он вдруг осознает, что начинает терять сознание. Он ощущает ужасную боль в груди и его глаза закрываются сами собой. В детстве Yuuri перенес сильнейшую болезнь, и если он регулярно не принимает лекарства, это заболевание возвращается. На грани сознания Yuuri чувствует теплое прикосновение к губам, слышит приободряющий голос и ощущает прикосновения. Когда он приходит в себя, то видит Ibuki, в тревоге склонившимся над ним и всматривающимся в его лицо.

С тех пор, когда Yuuri засыпает, он видит все тот же сон каждую ночь: как он плавает под водой, словно рыба, и чей-то голос зовет его из темной глубины. Как только он пытается выяснить, что это за голос, он тут же просыпается. Что означает этот сон...?

Действие игры происходит в вымышленном фентезийном мире, оказавшемся под угрозой уничтожения жестоким демоническом существом по имени Hadeus. Разразившася ужасная война оставила многих детей сиротами, и в том числе нашего главного героя - Might. Воспитываясь без родителей, на попечении единственного и более взрослого друга Adonis (тоже сироты), Might вырос амбициозным юношей, посвящающим много времени тренировкам в надежде стать солдатом Королевской армии. Однажды Might приходит в себя и обнаруживает, что он серьезно ранен из-за падения с утеса во время тренировок. Adonis, любивший Might больше всего на свете, использовал запретную темную магию чтобы спасти ему жизнь. Таким образом Might выжил.... но Adonis загадочным образом исчез.

И вот Might отправляется в путешествие в надежде узнать, что случилось с его любимым Adonis. В дороге он встретит большое количество прекрасных юношей - каждый из которых обладает своим неповторимым характером, и либо присоединится к нему в этом путешествии, либо станет помехой на его пути. Игрок, сделав соответствующий выбор, сможет составить пару с кем-то из этих встреченных персонажей.